É a parte que trata dos processos em que os microrganismos influenciam nas características nos produtos de consumo alimentício humano ou animal.A microbiologia engloba aspectos da Ecologia microbiana e de biotecnologia . De todos os microrganismos presentes em um alimento, só alguns são capazes de se multiplicar ativamente no alimento resultando em uma seleção .Por isso existem uma série de fatores que dirigem a frente desta seleção:
*FATORES INTRÍNSECOS ---> Constituem os derivados da composição do alimento.Quantidade de AGUA , PH , NUTRIENTES, AGENTES ANTI -MICROBIANOS, NATURAIS , INTERAÇÃO ENTRE MICRO -ORGANISMOS ETC.
*TRATAMENTOS TECNOLÓGICOS --->Fatores que modificam a flora intestinal em consequencia do alimento.
*FATORES EXTRÍNSECOS--->Derivados das condições físicas do ambiente em que se armazena o alimento .TEMPERATURA AMBIENTAL, UMIDADE ATMOSFERA DE 02 E CO2.
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